Biserica Reformată din România este constituită din comunități parohiale (în maghiară egyházközség). Parohia este comunitatea organizată a membrilor bisericii de pe un teritoriu delimitat, în scopul asigurării serviciilor divine și a celorlalte activități religioase, conform legilor interne și confesiunilor însușite. În vederea guvernării, organizării, supravegherii, respectiv aplicării disciplinei, mai multe parohii formează protopopiate (în maghiară egyházmegye), mai multe protopopiate formează eparhii[2] (în maghiară egyházkerület), iar eparhiile formează Biserica Reformată din România. Structuriile bisericești, parohiile, protopopiatele și eparhiile, sunt persoane juridice cu drept de autoguvernare.[3]
Biserica Reformată din România, ca majoritatea bisericilor protestante, are o organizare sinodo-presbiteriană și este condusă în egală măsură de laici și clerici. Conducătorii protopopiatelor sunt protopopul și curatorul protopopial, conducătorii eparhiilor sunt episcopul și curatorul eparhial. Comunitățile parohiale sunt guvernate de un consiliu presbiterian, a cărui președinți sunt preotul și curatorul parohial, de asemenea protopopiatele sunt conduse de un consiliu protopopial. Eparhiile (respectiv totalitatea bisericii) sunt conduse de Sinod. Sinodul are egale membri clerici și laici, președinții Sinodului fiind episcopii și procurorii celor două eparhii. Membrii laici sunt aleși dintre presbiterii comunităților parohiale. Reprezentanța comunităților în Sinod depinde de numărul credincioșilor, cele mai mari comunități având chiar mai mulți reprezentanți, timp ce comunitățile mai mici doar unu. Cele mai importante instituții (de exemplu liceele, universitățile, instituțiile pastorale și culturale reformate) sunt și ele reprezentate în Sinod, o instituție mai mare putând să aibă chiar 4-5 voturi. Nici membrii sinodului nu sunt absolut egali la vot, un episcop, protopop, profesor universitar având uneori chiar 3-4 voturi, rezultatele votărilor fiind calculate cu medie aritmetică ponderată.
În Biserica Reformată din România femeile și bărbații au același drepturi și obligații. Femeile pot să obține orice titlu sau funcție de conducere și pot fi membri al Sinodului.